Anotace: Cílem předkládaného projektu je vybudování pevné spolupráce mezi výzkumnými pracovišti v Grazu a v Brně. Jedná se o spolupráci v medicínském výzkumu, kdy nábor a klinické vyšetření pacientů bude provádět rakouské pracoviště, zatímco DNA analýzy bude provádět české pracoviště. Spolupráce bude doprovázena výměnnými pobyty studentů, publikací společných článků ve vědeckých časopisech a organizací dalších společných výzkumných aktivit. Do spolupráce budou zahrnuti pregraduální i postgraduální studenti obou pracovišť. Zásadním výsledkem spolupráce bude příprava nejméně dvou společných publikací v impaktovaných časopisech z oblasti výzkumu patogeneze primárního lymfedému. Výzkumné týmy se velmi vhodným způsobem vzájemně doplňují. Zatímco rakouský tým má čestné zkušenosti s podrobným klinickým vyšetřením a náborem pacientů, česká strana má četné zkušenosti se zaváděním DNA analýz nejrůznějšího druhu a s prováděním velkých asociačních studií. Metodicky se oba týmy velmi vhodným způsobem doplňují a umožňují provádění takového výzkumu, který by bez spolupráce nebyl možný. Vědeckým cílem projektu bude nalezení polymorfizmů, které zasahují do patogeneze primárního lymfedému.

Registrační číslo: 8J19AT021

Doba řešení: 1. 1. 2019 – 31. 12. 2021

Řešitel: prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D.     Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

VÍCE +

Anotace: Předložený projekt je založen na efektivní spolupráci mezi českým partnerem, Ústavem živočišné fyziologie a genetiky, AVČR v Liběchově (UŽFG), Laboratoří buněčné regenerace a plasticity a americkou Laboratory of neuroregeneration na University of California v San Diegu (UCSD). Velkou předností tohoto projektu je fakt, že oba partneři již společně realizovali experimenty v oblasti buněčné terapie míšního poškození na modelu hlodavců a miniprasat (Navarro et al., 2012; Juhasova et al., 2015; Miyanohara et al., 2016; Tadokoro et al., 2017). Tato skutečnost dává záruku, že i navržené společné experimenty v nové oblasti, kterou představuje genová terapie chronické neuropatické bolesti a svalové spasticity, budou realizovány na vysoké metodické úrovni. Všechny dosažené výsledky základního výzkumu budou společně vyhodnoceny a připraveny pro publikace v mezinárodních, impaktovaných časopisech v daném oboru. Protože navržené experimenty budou realizovány na biomedicínském modelu miniprasete, dosažené výsledky budou mít nejen povahu primárních vědeckých informací, ale budou mít také značný význam pro budoucí klinickou aplikaci genové terapie chronické neuropatické bolesti a svalové spasticity. Proto jsou v závěrečné fázi projektu plánovány kontakty a konzultace s klinickými neurochirurgickými a neurologickými týmy, které umožní vypracování reálných protokolů, které budou následně předloženy k posouzení příslušným orgánům, které rozhodnou o budoucím použití genové terapie pro tato, dosud medikamentózně obtížně zvládnutelná onemocnění.

Registrační číslo: LTAUSA19029

Doba řešení: 1. 1. 2020 – 31. 12. 2022 prodlouženo do 30. 6. 2023

Řešitel: prof. MVDr. Jan Motlík, DrSc.    Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

VÍCE +

Anotace: Většina buněk obratlovců má na svém povrchu primární cilium, které je přísně kontrolovanou kompartmentalizací odděleno od zbytku buňky tak, aby mohlo vykonávat své specializované funkce. Mezi ně patří regulace několika důležitých systémů mezibuněčné komunikace či řada mechanosenzorických a chemosenzorických schopností, díky čemuž je správně fungující cilium nezbytné pro zdravý vývoj, život a stárnutí organismu. Patologie vznikající dysfunkčním ciliem jsou označovány jako ciliopatie, a k dnešnímu dni zahrnují nejméně 35 onemocnění, způsobných více než 240 kandidátními geny. Charakterizace funkce proteinů kódovaných těmito geny je zcela zásadní pro pochopení patogeneze ciliopatií a jejich možnou budoucí léčbu. Hlavním cílem předkládaného projektu je objasnění mechanismu interakce vybraných kináz s primárním ciliem, a úloha této interakce ve fyziologickém vývoji a vzniku ciliopatií. Navrhovaný projekt je pokračováním našeho několikaletého výzkumu mechanizmů lidských ciliopatií, v těsné spolupráci s americkým spoluřešitelem prof. Deborah Krakow z Kalifornské univerzity v Los Angeles. Cílem první etapy projektu je objasnění molekulárního mechanismu, kterým kináza ICK (intestinal cell kinase) reguluje cilium. ICK je důležitým regulátorem cilia; patologická ICK signalizace vede ke vzniku smrtelné kosterní ciliopatie, kterou jsme popsali v našem předchozím výzkumu. V navrhovaném projektu se zaměříme na in vitro analýzy vlivu fosforylace motorového proteinového komplexu kinesin-2, zprostředkované ICK. V druhé a třetí etapě projektu budeme studovat fyziologickou interakci receptorových tyrozin kináz s ciliem a dále mechanismus, kterým je tato interakce narušena při rozvoji ciliopatie. Publikované práce na toto téma téměř neexistují a to i přes nespornou úlohu receptorových tyrozin kináz ve funkci cilia a vzniku ciliopatií.

Registrační číslo: LTAUSA19030

Doba řešení: 1. 1. 2020 – 31. 12. 2022

Řešitel: Mgr. Pavel Krejčí, Ph.D.    Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

VÍCE +

Anotace: Projekt si klade následující cíle:

1. Odhalit strukturu komplexu Abp genů u volně žijících příslušníků obou poddruhů (M. m. musculus a M. m. domesticus) a jejich přirozených hybridů pomocí nové technologie sekvenování dlouhých úseků a na základě jeho výsledků vytvořit zpřesněnou referenční sekvenci lépe popisující zájmovou oblast.
2. Zjistit, které kombinace různých duplikovaných nebo deletovaných genových bloků vzniklých u Mmd (a chybějících u Mmm) během posledních dvou sérií nealelických homologních rekombinací se vyskytují v centru hybridní zóny.
3. Určit míru, v jaké míře jednotlivé paralogy i pseudogeny pronikají přes zónu, a porovnat ji s introgresí jiných částí genomu, které jsou selektivně neutrální nebo naopak pod silnou selekcí. Ze získaných dat odhadnout míru selekce proti hybridům, fitness a další klíčové evoluční parametry.
4. Dvěma nezávislými metodami (read-depth, ddPCR) odhadnout počet kopií jednotlivých Abp paralogů a testovat hypotézu, že jejich proměnlivost je napříč hybridní zónou aditivní (alternativní hypotéza předpokládá nelineární průběh, např. zvýšený počet počtu kopií v jejím centru).
5. Zjistit
   1. zda populace mimo zónu vykazují podobné vzorce exprese genů jako u kmene C57BL/6J, tj. identifikovat soubor Abp genů exprimovaných jako transkripty a translatovaných do proteinů v slzách i slinách;
   2. zda, případně do jaké míry jsou tyto vzorce u hybridů rozrušeny;
   3. zda můžeme disruptivní důsledky hybridizace, pokud k nim dochází, vztáhnout k blokům genů, které přecházejí/nepřecházejí přes zónu.

Registrační číslo: LTAUSA18178

Doba řešení: 1. 1. 2019 – 31. 12. 2022

Řešitel: prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc.    Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

VÍCE +

Anotace: Cílem projektu mezinárodní spolupráce s Dr. Karen Schindler z Rutgers University, NJ je objasnění role RAN.GTP (monomérní G-protein) a Aurora kináz (A, B, C) a jejich vzájemné interakce v precizní regulaci dynamiky dělícího vřeténka a segregaci chromosomů ve vztahu k neplodnosti. Budou kombinovány techniky molekulární genetiky (mutantní linie myší – germ line knock-out a kondicionální knockout) s technikami konfokální mikroskopie využívajících biosensorů pro monitorování lokální aktivity jednotlivých signálních drah. Z pokročilých mikroskopických technik bude pro potřeby projektu adaptována technika FLIM - Fluorescence-lifetime imaging microscopy.

Registrační číslo: LTAUSA17097

Doba řešení: 1. 6. 2017 – 31. 12. 2021

Řešitel: RNDr. Dávid Drutovič , Ph.D.   Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

VÍCE +

Anotace: Hlavním účelem projektu je objasnění změn ve složení povrchových a sekretovaných proteinů nervových kmenových buněk způsobených přítomností mHTT a dále změn v proteomu a miRNA obsahu exosomů těmito buňkami vylučovanými. To přinese nové poznatky o vývojových změnách způsobených přítomností mHTT a přispěje k objasnění příspěvku buněčně autonomních a mezibuněčných mechanismů k patogenezi HD. Specifický cíl 1: Charakterizace povrchových proteinů kontrolních a HD NSC pomocí cell surface capture technology a LC-MS analýzy. Specifický cíl 2: Analýza sekretovaných růstových faktorů, cytokinů a chemokinů v médiu kontrolních a HD NSC pomocí Luminex xMAP technologie. Specifický cíl 3: Analýza celkového proteomu exosomů uvolňovaných z kontrolních a HD NSC pomocí necílené (shotgun) LC-MS analýzy. Specifický cíl 4: Analýza miRNA přenášených exosomy uvolňovanými z kontrolních a HD NSC pomocí RNAseq analýzy.

Registrační číslo: LTC18079

Doba řešení: 20. 5. 2018 – 15. 9. 2021

Řešitel: Mgr. Petr Vodička, Ph.D.   Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

VÍCE +