Vzdělání
| 1985-1997 | DrSc., ÚŽFG AV ČR, Liběchov Mikrobiální degradace krmiv v bachoru. |
| 1977-1981 | CSc., ÚFGHZ, ČSAV, Praha 10, Uhříněves, Inkubace bachorových mikroorganismů in vitro. školitel: Ing. Stanislav Bartoš, DrSc. |
| 1970-1975 | Ing., VŠCHT, Fakulta potravinářské a biochemické technologie, Praha, Stabilita lysozomů v tkáních post-mortem. školitel: prof. Ing. Jan Káš, DrSc. |
Zaměstnání a pracovní zařazení
| 2017-dosud | zástupce ředitele pro vědu |
| 2007-2016 | ředitel Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i. |
| 2003 | vedoucí laboratoře anaerobní mikrobiologie |
Hlavní vědecké zájmy
- Anaerobní mikrobiologie
Vývoj laboratoře začal zaváděním mikrobiologických a biochemických metod pro anaeroby z trávicího traktu přežvýkavců. Pro jejich trávení mají největší význam mikroorganismy proteolytické, amylolytické a celulolytické. Po charakterizaci jejich enzymů jsem se věnoval adhezi mikrobů na částice krmiva, která rozhoduje o rychlosti a efektivitě trávení rostlinné hmoty. To vedlo k vývoji a aplikaci probiotik, genovým manipulacím anaerobních bakterií, k studiím interakcí anaerobů, enzymologii rozkladu rostlinné vlákniny a proteinů krmiva. Výsledkem byl i vývoj enzymových metod pro stanovení kvality krmiv.
Podílel jsem se na vývoji transformačního vektoru pro bachorové bakterie zajišťujícího rozklad rostlinných toxinů. Vývoj a aplikace shuttle-vektoru s fluoroacetát dehalogenasou vedl k transformaci nepopsaných butyrát produkujících bakterií především izoláty příbuzné rodu Pseudobutyrivibrio. Vyvinutý transformační systém byl ve své době prvý funkční systém pro anaeroby. Transformace nepopsaných izolátů vedla k taxonomii butyrát produkujících bakterií a popisu dvou nových druhů: Butyrivibrio hungatei a Pseudobutyrivibrio xylanivorans. Po tom následovala účast na popisu druhu Butyrivibrio proteoclasticus a Eubacterium ovis.
Znalost analýz butyrivibrií pomohly mapovat změny mikrobiomu u lidských pacientů s onemocněními střeva: Popsali jsme změny způsobené zánětlivými chorobami střeva (IBD, EC) a celiakií, stejně jako význam léčení probiotiky. Při studiích probiotik jsme popsali kolonizaci střeva bifidobakteriemi ve střevech novorozeňat a telat. Prokázali jsme přítomnost bifidobakterií u většiny obratlovců a některých druhů hmyzu. Při tom jsme popsali nové druhy bifidobakterií ve střevě čmeláků: Bifidobacterium bombi, B. bohemicum and B. actinicoloniformis a nový rod Bombiscardovia (Bombiscardovia coagulans). U svých hostitelů rovněž působí probioticky.
Členství ve vědeckých společnostech a edičních radách
| 2012 | Journal of Nutritional Ecology and Food Research ediční rada, |
| 2010 | Folia Microbiologica, ediční rada |
| 2009 | Bioprospect, ediční rada |
| 2009 | Česká společnost imunologická |
| 1999 | Biotechnologická společnost ČR předseda revizní komise |
| 1985 | Československá společnost mikrobiologická |
| 1983 | Česká společnost pro biochemii a molekulární biologii |
| 1981-2003 | Americká společnost mikrobiologická |
Granty
| 2016-2018 | Kopečný J. Struktura a synergie fibrolytických enzymů v bachoru. GA ČR, 16-12431S. |
| 2015-2019 | Němečková Irena, MILCOM, Kopečný J. Fermentované mléčné výrobky a sýry pro zdravou výživu obyvatel, technologické postupy jejich výroby a metody hodnocení s důrazem na vysokou mikrobiologickou bezpečnost a zlepšené nutriční parametry. NAZV QJ1510338 |
| 2012-2015 | Wallace R. John, Rowett (UK), Kopečný J. Ruminomics: Propojení živočišného genomu, gastrointestinálho microbiomu a výživy k zvýšení účinnosti trávení a vlivu a životní prostředí v chovech přežvýkavců. FP7 289319 |
| 2011-2014 | Tlaskalová Helena, MBÚ, Kopečný J. Bakterie v etiologii, prevenci a terapii experimentálně vyvolaných střevních zánětů a kolorektálního karcinomu. GA ČR 304/11/1252. |
Vybrané publikace
| 2016 | Grilli D.J., Fliegerová K., Kopečný J., Lamac S.P., Egea V., Sohaefer N., Pereyra C., Ruiz M. S., Sosa M.A., Arenas G.N., Mrázek J. Analysis of the rumen bacterial diversity of goats during shift from forage to concentrate diet. Anaerobe, 42, 17 - 26 |
| Grilli D.J., Mrázek J., Fliegerová K., Kopečný J, Lama S.P., Cucchi M.E.C., Sosa M.A., Arenas G.N. Ruminal bacterial community changes during adaptation of goats to fresh alfalfa forage. Livestock Science 191, 191–195, 2016 |
|
| Rosero J.A., Killer J., Sechovcová H., Mrázek J., Benada O., Fliegerová K., Havlík J., Kopečný J. Reclassification of Eubacterium rectale (Prévot et al., 1967) in a new genus Agathobacter gen. nov., as Agathobacter rectalis comb. nov., within the family Lachnospiraceae, and description of Agathobacter ruminis sp. nov., from the rumen International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 66(2), 768-773, 2016 |
|
| 2014 | Killer J., Švec P., Sedláček I., Černohlávková J., Benada O., Hroncová Z., Havlík J., Vlková E., Rada V., Kopečný J., Kofroňová O. Vagococcus entomophilum sp. nov., from the digestive tract of wasp (Vespula vulgaris) International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64 (3), 731-737, 2014 |
| Fliegerova K., Tapio I., Bonin A., Mrazek J., Callegari M.L., Bani P., Bayat A., Vilkki J., Kopečný J., Shingfield K.J., Boyer F., Coissac E., Taberlet P., Wallace R.J. Effect of DNA extraction and sample preservation method on rumen bacterial population Anaerobe, 29, 80 - 84, 2014 |
|
| Killer J., Havlík J., Vlková E., Rada V., Pechar R., Benada O., Kopečný J., Kofroňová O., Sechovcová H. Lactobacillus rodentium sp. nov., from the digestive tract of wild rodents. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 64,(5), 1526 - 33, 2014 |
|
| 2013 | Killer J., Mrázek J., Bunešová V., Havlik J., Koppová I., Benada O., Rada V., Kopečný J., Vlková E., Pseudoscardovia suis gen. nov., sp. nov., a new member of the family Bifidobacteriaceae isolated from the digestive tract of wild pigs (Sus scrofa). Systematic & Applied Microbiol., 36, 11-16, 2013 |
| Klimešová K., Kverka M., Zákostelecká Z., Hrnčíř T., Hudcovic T., Štěpánková R., Rossman P., Rídl J., Kostovčík M., Mrázek J., Kopečný J., Tlaskalová H., Altered Gut Microbiota Promotes Colitis-Associated Cancer in IL-1 Receptor–Associated Kinase M–Deficient Mice. Inflammatory Bowel Diseases,19, (6), 1266 – 1277, 2013 |
|
| Killer J., Sedláček I., Rada V., Havlík J., Kopečný J., Reclassification of Bifidobacterium stercoris (Kim et al., 2010) as a later heterotypic synonym to Bifidobacterium adolescentis.International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013 63 (11): 4350-4353; |
|
| Killer J., Ročková S., Bunešová V., Vlková E., Rada V., Kopecny J., Havlik J., Koppová I, Benada O., Mrázek J., Kofronová O., Profousová I., Alloscardovia macacae sp. nov., isolated from the milk of macaque (Macaca mulatta), emended and revised description of the genus Alloscardovia. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 63 (12), 4439 – 46, 2013 |
|
| 2012 | Bunešová V., Domig K.J., Killer J., Vlková E., Kopečný J., Mrázek J., Ročková Š., Rada V. Characterization of bifidobacteria suitable for probiotic use in calves, Anaerobe 18, 166 – 168, 2012 |
| Vlčková K., Mrázek J., Kopečný j., Petrželková K.J. Evaluation of different storage methods to characterize the fecal bacterial communities of captive western lowland gorillas (Gorilla gorilla gorilla). J. of Microbiological Methods, 91, 45 – 51, 2012 |
|
| 2011 | Zákostelská Z., Kverka M., Klimešová K., Rossmann P., Mrázek J., Kopečný J., Hornová M., Šrutková D., Hudcovič T., Ridl J., Tlaskalová-Hogenová H., Lysate of probiotic Lactobacillus casei DN-114 001 ameliorates colitis by strengthening the gut barrier function and changing the gut microenvironment PLOS ONE 6 (11), e27961, 2011 |
| Kverka M., Zakostelska Z., Klimesova K., Sokol D., Hudcovic T., Hrncir T., Rossmann P., Mrazek J., Kopecny J., Verdu E., Tlaskalova-Hogenova H., Oral administration of Parabacteroides distasonis antigens attenuates experimental murine colitis through modulation of immunity and microbiota composition. Clinical and Experimental Immunology 163 (2), 250 – 259, 2011 |